Tengku Zubaidah ialah anak ketiga kepada pasangan Wairot Phiphitphakdi (atau Tengku Noruddin bin Tengku Muda) dan Yaowalak Phiphitphakdi (atau Cik Jamilah binti Cik Abdullah). Wairot merupakan bekas ahli politik Thailand dari Parti Thai Rak Thai dan pernah menjadi ahli Parlimen Pattani selama lima penggal[1]. Tengku Zubaidah dilahirkan pada 1979 di Istana Diraja Jering, Pattani.

Keluarga Tengku Zubaidah merupakan keturunan kerabat diraja Pattani yang pernah memimpin Pattani sebelum ditakluk Thailand pada 1902[2]. Bapanya, Wairot ialah anak kepada Phra Phiphitphakdi (Tengku Muda Abdul Putra) dan isteri ketiganya Sawas (dahulu Darachat), yang merupakan warga Thai berketurunan Cina dari Bangkok[3]

Tengku Zubaidah ialah sepupu kepada Tengku Anis, bonda Tengku Faris Petra. Bapanya, Wairot ialah saudara tiri kepada bapa Tengku Anis, Tengku Abdul Hamid bin Tengku Muda Abdul Putra.